董事會是股東大會的執行機構和南陽村鎮銀行的經營決策機構，對股東大會負責。董事會負責確定南陽村鎮銀行的經營發展戰略；召集股東大會會議，并向股東大會報告工作；執行股東大會的決議；決定南陽村鎮銀行的年度經營計劃；制訂南陽村鎮銀行的年度財務預算方案和決算方案；制定利潤分配方案（包括南陽村鎮銀行股息政策和其他給予股東的分紅）和彌補虧損方案；制訂南陽村鎮銀行增加或者減少注冊資本、其他改變或重組注冊資本的方案或發行債券的方案；聘任行長、副行長等高級管理層成員；監督高級管理層的履職情況，確保高級管理層有效履行管理職責等重大事項。董事會成員由股東大會選舉產生，董事會董事13名，設董事長1名。

董事會下設董事會辦公室，負責股東大會、董事會、董事會各專門委員會會議的籌備、信息披露、以及董事會、董事會各專門委員會的其他日常事務。董事會設董事會秘書1名，是南陽村鎮銀行高級管理人員，對董事會負責，按照有關法律和南陽村鎮銀行章程的規定履行職責。